親子鑑定要形成一個結論，通常需要兩個參數，一是累積親權指數CPI，它是判斷親子關係所需的兩個條件概率的似然比，即具有AF（被控父親）遺傳表型的男子是孩子生物學父親的概率與隨機男子是孩子生物學父親的概率的比值。我們可以通俗地理解為在遺傳基因上，這兩個鑑定的父子之間的相像程度。一般這個指數要大於1萬，而另一個參數也就是20個位點要全部對上，才能得出“親生”的結論。
第二輪鑑定：找出突變的基因來自母親還是父親
儘管出於種種對於婚姻感情關係的不信任，現在做親子鑑定的越來越多，但是從鑑定結論來看，大多數還是確認為親子關係的——這給那些無稽的猜疑一記響亮的耳光。我們前面說過，漢博鑑定中心親子鑑定的法醫和助理們都是沉靜的姑娘，她們不會做過多的猜測和建議。
她們對老太太說，孩子肯定是“你們家”的孩子——言下之意，不必再繼續做下去了。老太太沉默良久，開口：“我要一個肯定的結論，孩子是誰的。”我們可以從邏輯學的原理來看待接下去的鑑定，也是走到這一步最善意的一種方式。如果是遺傳過程中基因發生了滑移，男孩的性別基因為XY，那麼我們是不是可以找一下，到底是來自媽媽這邊的遺傳基因發生了突變，還是爸爸這一邊的突變了。
老太太一口應允：“是不是要提供孩子母親的血液樣本？沒問題。”半個月之後，老太太帶來了兒媳婦，抽血取樣。媽媽的血樣和男孩的血樣繼續進行DNA比對，這一回比對的主要是男孩發生突變的基因是遺傳自母親，還是父親這一邊。
結論是：突變發生在遺傳自父親的基因上。
那麼事情的可能性又回到：是父親的遺傳基因發生突變，或者本來就是遺傳自父親的男性直系親屬。
一般親子鑑定機構會對檢材做三個月以上的保存。比如這個案例，小男孩的血樣第一次鑑定只是取用了部分血樣，剩餘的則低溫密封保存。
