美國官方的調查報告
達拉斯警方在逮捕了奧斯瓦爾德並收集了犯罪現場的物理證據之後，奧斯瓦爾德被達拉斯警方押送到警署總部接受審訊。稍後，在晚上10:30，達拉斯警察局的警長傑西·克里(Jesse Curry)被“華盛頓的人們”命令去發送所有收集到的物理證據（除了奧斯瓦爾德）到位於華盛頓的美國聯邦調查局（FBI）總部。
聯邦調查局
聯邦調查局是第一個完成官方調查的權威機構。在案件發生幾小時內，局長埃德加胡佛說：“我們得需要有說服力的證據向美國人民證明奧斯瓦爾德是真兇。”[7]在1963年12月9日，刺殺案過去17天的時候，聯邦調查局的報告出版了，並被提交至沃倫委員會，當時聯邦調查局仍然是對於委員會來說主要的調查機構。聯邦調查局陳述只有3顆子彈在刺殺案中被發射；第一枚射中了甘迺迪總統，第二枚射中了康納利州長，第三枚射中甘迺迪的頭部，並且致死。聯邦調查局陳述道：李·哈維·奧斯瓦爾德射出了全部3發子彈。 沃倫委員會認可了聯邦調查局關於“3顆子彈在刺殺案中被射出”的調查報告，但是否認了其關於子彈射擊甘迺迪和康納利的研究報告。聯邦調查局指出第一枚射中了甘迺迪總統，第二枚射中了康納利州長，第三枚射中甘迺迪的頭部，並且致死。沃倫委員會則總結到這三枚子彈中的其中一顆並沒有命中目標，一枚擊中甘迺迪後又再次傷到了康納利，一枚射中甘迺迪的頭部，並且致死。在關於李·哈維·奧斯瓦爾德發射了全部3發子彈這個問題上，聯邦調查局和沃倫委員會保持了一致。
聯邦調查局銷毀證據
聯邦調查局在這次謀殺調查中因為銷毀了證據而被批評。聯邦調查局發現一個探員——詹姆士·霍斯蒂的姓名和電話出現在奧斯瓦爾德的聯絡簿上。聯邦調查局隨即提供了另一份用印表機列印出的聯絡簿，在這份聯絡簿中，他的名字被刪除了。當他在沃倫委員會作證時，他不小心地提到了他曾經與奧斯瓦爾德有聯絡，這個消息在很久之後才被公之於眾。
