2016年1月，在年代劇《青穀子》中飾演知青教師方格；2月19日，與杜海濤、吳昕、隋凱合作主演愛情喜劇電影《恭喜發財之談錢說愛》；4月7日，受邀加盟山東衛視歷史文化類喜劇季播節目《你好歷史君》的錄製，在第二期”翻閱三國亂世“中飾演貂蟬[11]；5月23日，參演的古裝玄幻劇《仙劍雲之凡》開播，孫耀琦飾演呆萌花痴的活潑少女蘅綰綰[12]；6月20日，在古裝武俠劇《六扇門》中飾演聰明伶俐、知書達理的名門閨秀曹懿恩；7月，拍攝都市玄幻偶像劇《我的美女老師第二季》；10月，加盟原創校園紀實節目《一年級·畢業季》，擔任本季的大學輔導員。
人物評價
孫耀琦很可愛，很有親和力，漂亮，甜美可愛，相處沒有距離覺。[15]（騰訊評價）一直憑藉甜美、可愛形象被觀眾喜歡的孫耀琦，在電視劇《武松》中，孫耀琦飾演的潘金蓮各種大尺度沐浴戲、激情床戲被網友冠以“豁出去”的評價吸引了萬千宅男的眼球，成為了大家口中必不可少的“萌女”天份，又充分展現了性感、嫵媚的人物氣質。（搜狐點評）
孫耀琦從丫鬟變身格格再到女宰相，憑藉《新還珠格格》中溫柔貼心的“金瑣”，到《怪俠歐陽德》裡的俏皮率真的“翡翠格格”和《太平公主秘史》聰慧靈動的“上官婉兒”。外形甜美可愛、性格聰穎直率、表演隨意自然。在三部戲中，孫耀琦嘗試出演了丫鬟、格格、古代女官，更是以各種不同的造型出鏡讓人眼前一亮，出演女裝清新動人，男裝也同樣令人眼前一亮。孫耀琦也因此成為2012年暑期檔當之無愧的“螢幕寵兒”。 （搜狐、中國日報網評）
