2000年李恩珠首次出演女主角，主演黑白電影《啊，秀貞》，在電影中展示她精彩的演技和神秘、迷人的魅力。2001年第38屆韓國大鐘電影節上，李恩珠以《啊，秀貞》榮獲最佳新進女演員獎（最佳新人獎）。同年，李恩珠還拍攝了電影Bloody Beach和KBS的電視劇《以生氣的臉回望》。2001年，李恩珠與李秉憲合演《愛的蹦極》，這是李恩珠的一部經典代表作。2001年 李恩珠參演SBS的《我美之夢》。2002年，李恩珠與車太賢、孫藝珍、文根英一同主演了李翰導演的電影《向左愛，向右愛》（又名《戀愛小說》），給觀眾留下深刻印象，
在《向左愛，向右愛》中，李恩珠所扮演的女主角性格有著相當大的變化，從一開始的爽朗活潑到後來的安靜、內斂，角色在李恩珠收放自如的詮釋下得到完美展現。2002年李恩珠還主演了電影《白房子》。 2003年，李恩珠和安在旭主演電影《天堂花園》，這是一部唯美、傷感的作品。2003年，李恩珠與李凡秀主演電影 《哈囉！ U.F.O》，影片中恩珠扮演一位失明少女，恩珠精彩絕倫的演技在這部影片中得到充分體現。（《哈囉！ U.F.O》- 經典收藏影片）2004年是李恩珠演藝事業的顛峰期，李恩珠主演了電視劇《火鳥》、電影《太極旗飄揚》和《紅字》。
3、李恩珠的榮譽記錄
1997年，李恩珠在善京smart學生選拔賽中奪得銀獎；1999年，在東京國際影展中，以《松魚》獲演技獎；2001年第38屆韓國大鐘電影節，李恩珠以《啊，秀貞》獲最佳新進女演員獎（最佳新人獎）；2004年，李恩珠因主演電視劇《火鳥》，榮獲韓國MBC電視劇演技大獎；2004年，李恩珠與元彬、張東健合演《太極旗飄揚》，榮獲2004年韓國電影票房冠軍，《太極旗飄揚》以超過7億中元的票房創下韓國電影史上的票房最高紀錄。
