海德里希被送2.5公里外的布洛卡醫院，接受了霍堡醫師的緊急手術。霍堡出身西里西亞，時為布拉格查理大學外科主席。於一小時內，他處理了右肺部之氣胸，移除碎裂的第七根肋骨前端，縫合撕裂之橫膈膜，裝設導尿管，最後取出卡著手榴彈碎片的脾臟。然而，黨衛隊首領希姆萊將其私人醫師卡爾·蓋伯哈特送來。手術也因其當日下午的抵達而告一段落。29日後，黨衛隊的醫師團完全接管了海德里希的治療。術後治療包括大劑量的嗎啡注射，也謠傳處方中含有磺胺，但蓋伯哈特於1947年戰犯大審中表示並沒有。
在接連七天中，海德里希出現輕微的發燒及傷口流膿，但情況似乎逐漸好轉。突然地，他陷入休克狀態，更在第八天上午斷氣。醫師團推論可能是傷口感染所致，也可能是腦或肺部的栓塞要了他的命。
1941年9月起擔任捷克斯洛伐克德軍佔領區摩拉維亞與波希米亞的副行政首長。海德里希巧妙地運用“糖果與鞭子”的方式而將捷克地區逐漸德意志化，他在任其間殺人無數，被人們稱作“布拉格屠夫”。1942年1月20日海德里希負責召開萬湖會議，擬定猶太人大屠殺的詳細執行計畫。
為了報復海德里希的遇刺，希特勒對捷克的其他地區展開毀滅性的破壞與殺戮，利迪策村就是最有名的案例，黨衛軍第七武裝山地師“歐根親王”師藉口利迪策村包庇刺客，將利迪策村所有十六歲以上的成年男性全部槍決、172名婦女與無以數計的兒童則被送進集中營作為懲罰，總計整個報復行動造成兩千至五千人死亡，企圖把利迪策村從地圖上抹去。戰後，捷克政府在利迪策村修建了墓碑以紀念那些無辜的死難者。利迪策慘案也成為後來國際兒童節的淵源，因為慘案中有88名兒童被殺，而剛出生的嬰兒就被強行送到德國家庭收養。
