等到9月3日下午16時，俄軍才終於全面控制學校。後來在學校體育館發現100多具屍體，最終根據統計，在別斯蘭第一中學解救人質行動中有323人死亡，後來負傷的12名人質死於醫院。其中有186位都是未成年人。
這起別斯蘭人質事件最終造成了極為嚴重的影響，給旅遊業造成4億美元的損失，相當於俄旅遊業年收入的13%。部分外國旅遊者對俄羅斯的安全局勢失去信心。不少外國旅遊者取消了前往俄羅斯的計畫。
並且由普京控制的攻擊行動中的手段受到了來自觀察者和民眾組織的大量批評，這其中包括“別斯蘭母親”和“別斯蘭之聲”。歐盟也開始批評。批評者中包括倖存者和死難者家屬，他們認為對學校的強攻中使用火箭推進榴彈和坦克砲是野蠻而不必要的。後來，9月3日命名為俄羅斯“反恐團結日”。
